经生物处理后的废水中，还残存相当数量的cod，有时有较高的色、嗅、味，或因环境卫生标准要求高，则需采用三级处理方法进一步净化。三级处理主要是去除废水中难以生物降解的有机污染物和溶解性无机污染物。

同时膜生物反应器省去了二沉池、滤池及污泥回流系统等辅助设备，甚至污泥处理设备及费用。由于目前我国对污水处理的消毒指标主要针对的是大肠菌群，其直径约在0.6μm，而目前mbr用膜的空径一般都在0.4μm～0.1μm 的范围内，因此几乎所有的mbr 工艺都对病菌有较好的去除作用，出水中肠道病毒、总大肠杆菌、粪链球菌、粪大肠杆菌等都低于检测限，这表明如果mbr 出水直接排放或无余氯要求回用的话甚至可以省去消毒设施，因此膜生物反应器结构简单紧凑。

如结核病污水，每升可检出结核杆菌几十万至几百万个。利用放射性同位素手段的的污水还含有放射性物质，污水具有空间污染、急性传染和潜伏性传染等特征，不经有效处理会成为一条疫病扩散的重要途径和严重污染环境