活性炭的吸附能力曾被用于口服对肠道细菌的吸附而细菌性痢疾，在一战中，气类毒气作为大规模杀伤性被使用，活性炭则是防毒面具中主要的毒气吸附剂，离子交换树脂被广泛应用后，活性炭在化学除系统中使用较广，大机组对有机的腐蚀敏感，因此配置活性炭床者多。活性炭吸附水中营养物质，可以成为细菌微生物的温床，微生物膜对水的阻力影响较大，因此，应定期进行反洗去污。如果反洗不能奏效时，应进行处理。​实际上，按照进水浊度安排合理的反冲洗制度具有实际意义。由于微生物膜与微生物黏泥难于清净，采取空气擦洗是必要的。某热电厂用受严重污染的河水作为原水，水中菌、藻和微生物对滤池污塞严重，虹吸滤池的运行时间和反洗时间持平；活性炭过滤器无法使用，混床被黏泥结成团块无法分层再生。为保证水的产量，将虹吸滤池滤料粒径由1mm左右先后放大到2mm和3～4mm，将混床改成二阳床与二阴床除，其出水品质虽下降，但是满足了供热的用水量。终的解决对策是使用了部分自来水，缓解河水污染造成的困扰。因此，当活性炭过滤器由于菌、藻造成污塞时除了加强反洗保证压差在规定范围内之外，虽属重要，但是应从源头上解决。​

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