通过反冲洗、反脉冲和化学清洗去除污染层.反冲洗对膜性能要求较高(目前能进行反冲洗的商业化的膜较少),为避免损伤膜而导致出水恶化,反冲洗应在低压状态下操作.采用反冲洗和反脉冲[能显著提高膜通量,但反冲洗要消耗一定量净化水,反冲洗周期过短会使出水量下降,过长则膜通量衰减加快,故在膜生物反应器中应寻找佳反冲洗周期.Kang等[对厌氧MBR中的有机膜和无机膜的过滤特性进行了比较,研究表明反冲洗和回流方式能有效地减轻膜污染.有机膜用酸性(pH2.0)反冲洗,膜通量增加两倍;无机膜用碱性反冲洗,提高了膜通量;且回流方式能获得更高的膜通量.清洗方法可以是在线和离线清洗.葛元新等介绍了膜清洗的几种方法及发展状况,并提出了膜清洗技术的发展方向.张传义等研究表明,膜污染存在一个“临界膜污染”水平,当膜污染发展到“临界膜污染”水平,膜污染急增,此时在线清洗对膜污染的去除效果不明显,建议在线清洗好控制在临界膜污染之前进行.由于生物污染而增加了膜污染的复杂性.随着现代分析仪器的发展,如PCR技术,原子力显微镜和扫描电镜等研究微生物群落结构动力学变化与降解功能的关系,生物污染已被广泛地研究和表征,但这些仪器价格昂贵,很难普及.因此在这个领域的进展相对要慢.生物污染控制仍是MBR的一大挑战。